O internacional guineense (Conacri) marcou três dos seus golos num período de oito minutos no final da segunda parte, elevando a sua contagem para 13 golos no campeonato, além de outros 10 na Liga dos Campeões, onde o Dortmund vai defrontar o Lille nos oitavos de final no próximo mês.
Os anfitriões, que tinham perdido os dois últimos jogos do campeonato sob o comando de Kovac, abriram o ativo quando Julian Ryerson, ex-jogador do Union, viu o seu remate ser desviado para um autogolo de Diogo Leite, aos 25 minutos.
O Dortmund acertou na trave com uma cabeçada de Maximilian Beier quatro minutos depois, mas fez tudo certo aos 40, quando Guirassy cabeceou um cruzamento de Pascal Gross.
O internacional guineense acrescentou o seu segundo golo aos 75 minutos, num remate à queima-roupa, e cinco minutos mais tarde, após um bom trabalho de Beier, empurrou a bola para a linha de fundo, completando assim o seu hat-trick.
Com a defesa do Union a desmoronar-se por completo, marcou o quarto golo ao cabecear outro cruzamento de Gross, aos 83, e Beier selou a vitória aos 90.
O Dortmund, que conquistou apenas a sua segunda vitória nos últimos oito jogos, subiu para o 10º lugar com 32 pontos.
A Bundesliga regressa à DW África no próximo sábado para relatar Eintracht Frankfurt vs. Bayer 04 Leverkusen.